1) 入門期；4月から6月。基本的な発達障害児に関する知識と、実際に子どもと関わるための関わり方の講義と実習。
2) 基礎研修期；6月から翌年1月。発達障害児の地域発達援助プログラムに実際に参加しながら、担当の子どもとの１対1を基本とした子どもとの関わり方に対する継続的指導（スーパーヴィジョン）を受ける。並行して、子どものソーシャル・スキルや学業スキルの獲得を促進する教材作成やその指導法、子どもたちへのグループ指導の仕方について実践的な指導を受ける。
3) 専門研修期；翌年2月からその翌年3月まで。発達障害児の地域発達援助プログラムに実際に参加しながら、子どもに対する個別治療教育プログラムの作成・指導案の作成と取組み、地域発達援助システムの運営に関する指導を受ける。かなり高度な専門的指導をおこなうことになるので、必要な専門知識についての自学自習も必要となる。
